恩主教書院接受中一自行分配學位申請。恩主教書院參加中學學位分配辦法的統一派位（適用於2025 年9月升讀中一）。收生準則包括（按比重次序排列）：1. 學生學業成績（校內成績及教育局提供的排名）50%；2. 面試表現20%；3. 操行10%；4. 藝術、運動或服務方面表現10%；5. 與恩主教書院之聯繫10%。