東華三院馮黃鳳亭中學致力為社會提供優質的教育服務，推行「全人教育」，為學生提供優良的學習環境，使能發揮潛能，成為具備知識技能、有正確價值觀、積極人生觀、獨立自主、勇於承擔責任和關注社會事務的良好公民，拓展豐盛人生。

東華三院馮黃鳳亭中學共有課室24間，特別室25間。除一般設施外，更設有學生自學中心、圖書館、健身室、電腦輔助設計室、電腦輔助學習室、多用途活動室、學生活動中心、遠程教室、健康資源中心、人文學科及學習中心、語言室、多媒體學習中心、英語活動室、英語茶座、校園電視台及學生輔導室、創客室、禮堂、有蓋操場、攀石牆、校史廊。所有課室及特別室均設有空調、電腦、實物投影器、投影機及放映屏幕、互動電子屏幕。