中華基督教會燕京書院以基督愛心為動力，以人為本作信念，用積極進取的態度，提供優質教育，啟發學生潛能，分享整全福音及豐盛生命；培育學生成為良好的公民，回饋社會，貢獻國家。

中華基督教會燕京書院為千禧校舍，所有課室及禮堂均有空調設備；每間課室亦備有電子黑板及無線音響設施。
學校更為不同科目及部門設立特別室，包括電腦及創客工作室、中國語文室、英語語言室、物理實驗室、化學實驗室、生物實驗室、綜合科學實驗室、地理室、家政室、音樂室、視覺藝術室、宗教室、宗教教育資源中心、學生會室、輔導室、訓導室及家長資源中心。
校內亦設大型場地，為學生提供充裕的活動空間，包括學生活動中心、三個運動場、圖書館、校史館、創新館等。
學校更提供多用途場地，以提升學生學習興趣及展示學習成果，包括演講室、學生活動中心及「星閃閃」操場等活動空間，可用作舉辦大型學習活動、研討會、學生表演、電影或音樂欣賞等。