中華基督教會基協中學引導學生認識基督真理。教導學生鍥而不捨的追求真理，建立健康正確的人生觀。培養學生自律、自愛、自重、自信，推己及人，回饋社會，服務人群，熱愛國家。提供良好的學習環境，讓師生共享愉快的校園生活。因材施教，發揮學生的潛能，培養學生的獨立思考及自學能力。

中華基督教會基協中學設有資訊科技研習室及電腦室，擁有立體打印機及接近100部平板電腦等，所有課室已加裝電腦、實物投影機、投影機及熒幕，加強推行資訊科技教育。已於中一至中六各級課室安裝電子黑板取代傳統黑板及投映機，促進學生進行電子學習。中華基督教會基協中學設有English Café及文華閣（中華文化室），以推動兩科語文，提升學生學習興趣。而在推展AI/STEAM課程方面，中華基督教會基協中學設有STEAM室，備有雷射切割機等設備，以助學生學習。又設立「珍愛生命爬蟲角」，希望學生通過照顧動物學懂欣賞、尊重、愛護生命及培養責任心。中華基督教會基協中學新建「鑽禧學生成長輔導中心」，為師生提供一個更舒適的環境，以照顧學生成長上的不同需要，身、心、靈皆有更健康的發展。