香港航海學校的使命，是採用不同的教育方式和活動，發揮學生多方面的潛能。在傳授知識和技能的同時，透過獨有的紀律訓練、水上活動和寄宿生活，培養學生的責任感、忠於職守及善於處事待人的素質，為未來升學、投身海事或其他行業，奠下良好基礎。

香港航海學校佔地兩公頃，除教室外，有各類特別室、綜合科學實驗室、電腦輔助教學室、工場、室外及室內運動場、圖書館及步操儀仗訓練場等。此外，有水上活動中心、碼頭、直昇機停機坪，以配合課程需要。為提供寄宿服務，學校設有空調宿舍、洗熨中心、學生飯堂及中央士多等。