聖士提反書院設有學費全免或減免3/4、1/2、1/4學費。有需要的學生（包括來自綜援家庭的學生及領取在職家庭及學生資助事務處的學生資助處財政資助的學生）可申請學費減免。新生可於開學前的20個星期內遞交申請，其申請結果會在8個星期內獲得通知。獲學費減免之學生可享有課外活動津貼及遊學津貼等，成功申請宿位之同學亦享有部份的宿費資助。

初中的中國語文科以普通話為教學語言。除香港中學文憑課程外，聖士提反書院已授權開辦國際文憑預科課程（IBDP）。國際文憑課程每年學費為$109,200。