聖保羅男女中學設有20%至100%減免；單親家庭獲額外減免。有需要的學生（包括來自綜援家庭的學生及領取在職家庭及學生資助事務處的學生資助處財政資助的學生）可申請學費減免。新生可於開學前的4個月內遞交申請，其申請結果會在2個月內獲得通知。緊急財政援助：如果申請人的財政狀況於學期中發生突然的改變，該家庭亦可在學期中的任何時候申請減免學費。

聖保羅男女中學為IB世界學校，提供國際文憑課程。中五及中六國際文憑課程學費分別為每年港幣$112,200及港幣$107,600。