南屯門官立中學致力為學生提供良好的學習環境，並給予有需要的支援，以達致道德、學問、體格、社交、藝術各方面的發展，藉此讓學生發揮他們各自稟賦的潛能，從而成為一個有信心、有責任感及為人著想的公民。

南屯門官立中學設有教室24間、實驗室4間、虛擬科技與創新中心（未來教室）1間、歴史活現館1間、地理及環境教育中心1間、C3創客空間1間、「創」立方1間、語言，文化與溝通中心中西文化廳1間、電腦室2間、STEM•科創園1間、價值觀及生命教育中心1間、家政室1間、視覺藝術創作室1間、音樂室南官演奏廳1間、南官夢工場1間、圖書館1間、自主學習中心1間、生涯規劃與全人發展中心1間、學生會辦事處1間、演講廳1間、社工室2間、訓育及輔導工作晤談室1間、家長資源室1間及樂團／樂隊排練室1間等。另設有禮堂1間、健身室1間、悠閒地帶1間、有蓋操場1個、排球場及籃球場。全校空氣調節，並安裝校園廣播電台及中央視像廣播系統。