明愛屯門馬登基金中學貫徹明愛精神，在愛德服務中帶來希望，推行普及教育。以學生為主體，因應學生升學及就業的需要，為不同學習性向及能力的學生提供全人教育，成為勇於承擔的良好公民。配合專業及專上教育，促進社會多元化的發展。

明愛屯門馬登基金中學設有禮堂、祈禱室、綠色天台、視覺藝術室、多功能活動室、職輔室、校園電視台、多媒體學習中心、實驗室、室內賽艇及器械訓練中心、社區及跨境公益網課中心、電腦室、資訊科技研習中心、英語培訓及國際考試中心、中文教育資源室、演講室、音樂室等。另設有「一帶一路通識館」，透過展示一帶一路國家的衣飾物品，讓學生可以認識各國文化特色，從而認識到認同，營造共融氛圍。
另設有圖書館、學校社工室、醫療室、會客室、自修室、學生活動室、木球小草地及「聖方濟各大學-屯馬款待及餐飲教室」等。
課室裝設資訊教學設備、投影機及冷暖氣調節，禮堂亦設有空調。