拔萃男書院設有學費全免或減免3/4、1/2、1/4學費。有需要的學生（包括來自綜援家庭的學生及領取在職家庭及學生資助事務處的學生資助處財政資助的學生）可申請學費減免。新生可於開學前辦理手續（通常於五、六月）。如資料齊備，申請結果會在截止申請日期起的2個月內獲得通知。

拔萃男書院在教育局「六班編制」的基礎上，投放更多資源在教與學，全面推行校本小班教學。在初中，每級細分為九班，主科中文、英文和數學更分為十組。高中每級則設香港中學文憑試課程六班和國際文憑課程兩班。其中在每級中學文憑試課程的六班中，主科中文、英文、數學和公民與社會發展更分為六至八組。