孔教學院大成何郭佩珍中學秉承孔教學院精神，以推廣孔教，弘揚孔道，化導人心，發揚我國固有道德文化，為社會培育才德兼備人材為宗旨。在提高學生的學術成績外，全力推行德、智、體、群、美五育，以期學生有更全面的教育及健全的成長。

除了標準設施外，孔教學院大成何郭佩珍中學自2004年起陸續增設英語學習中心、演講廳及校園電視台控制室。同時，孔教學院大成何郭佩珍中學在禮堂及有蓋操場安裝巨型LED顯示牆，讓學生於課餘能參與更多元化的活動。2021年，孔教學院大成何郭佩珍中學把天面活動區改建成室內運動場，讓學生能不受天雨影響進行體育活動。此外，孔教學院大成何郭佩珍中學重新修葺圖書館，館內佈置加入中式元素，另增設自修空間，提供舒適的自習及閱讀環境。為推廣中華文化，園林休憩區加建傳統擺設「欹器」，寓意：「虛則欹，中則正，滿則覆」，提醒學生應以「中庸之道」立身處世。2022年，孔教學院大成何郭佩珍中學增設創新科技中心Innovation Centre，配備高規格STEAM設備，讓學生發揮創意，實現科研夢想。