嘉諾撒聖方濟各書院接受中一自行分配學位申請。嘉諾撒聖方濟各書院參加中學學位分配辦法的統一派位（適用於2025 年9月升讀中一）。嘉諾撒聖方濟各書院會根據申請人的學生檔案內各項紀錄，進行第一階段的甄選，佔整體評分共70%，甄選準則包括：學術表現60%；操行、課外活動表現、學術及非學術特別技能、獎項及服務10%。合資格的申請人可進入第二階段，接受個人面見；甄選準則包括中、英文表達能力、數學能力、思維能力及溝通技巧，佔整體評分共30%。