基督書院初中各級均按學生英文水平編班，分別入讀較多科目以英語授課的班別或較多英文延展教學活動的班別，讓學生在合適的班別培養英文能力，以銜接高中課程。基督書院非常著重培養學生閱讀興趣和能力，除了全校多種閱讀計劃及活動外，中一至中四一直設有固定閱讀課，以利學生建立閱讀習慣。