聖馬提亞堂肖珍幼稚園的辦學宗旨是：促進幼兒靈、德、智、體、群、美之全人發展。 校訓為「非以役人、乃役於人」。此外，校方致力培養幼兒良好的品德 、自我照顧及主動學習的能力。

聖馬提亞堂肖珍幼稚園採用螺旋式主題教學、方案教學及多元智能教學。課程編排按照教育局《幼稚園教育課程指引》，並配合幼兒的發展特徵、興趣及需要編訂適切及全面均衡的綜合課程，更讓幼兒從遊戲活動中學習。 聖馬提亞堂肖珍幼稚園會遵照《幼稚園教育課程指引》(2017)規劃課程，不會要求幼兒班兒童執筆寫字，亦不會要求兒童做機械式的抄寫或操練式的計算練習。

聖馬提亞堂肖珍幼稚園採用主題教學、方案教學、多元智能課程、小組教學及活動教學方式上課。學校注重兩文三語，並以故事、歌曲、遊戲進行英語活動。透過多元化的學習活動、參觀、討論和專題探究活動，建構幼兒知識及豐富其經驗。幼兒在自選活動中不斷探究及發現，從而提升各種不同的學習能力及發展個人潛能。教師以腦科學及思維為本教學，引用多元教學策略，提升幼兒的高階思維發展。教師亦引用培養心智習慣的策略和技巧，全方位地促進幼兒心智習慣的建立 。 聖馬提亞堂肖珍幼稚園更積極推行生命教育和品德教育，並以繪本推行生命教育，培養幼兒14個優質生命力。

聖馬提亞堂肖珍幼稚園採用持續性觀察評估，記錄及評估幼兒之學習進度及能力發展，幫助老師了解每位幼兒的學習能力、需要及進展。老師藉評估資料優化課程及教學活動，並給予幼兒適切的支援及輔導。

~幼兒班：新生適應日及家長講座。 ~低班：升班介紹。 ~高班：模擬小一上課及參觀社區小學，藉以體驗小一學習生活及模式。 ~全校家長會見日、家長講座及工作坊等。 ~聖馬提亞堂肖珍幼稚園還有宗教老師、輔導老師、特殊教育老師及駐校社工，輔導及支援個別學生、家訪及幫助需要支援之家庭。

舉辦家長教育課程、家長日、家長觀課及課後討論、家長講座及工作坊、 家長團契、家長義工隊（圖書組、活動組、關愛組、故事爸媽組）、家長小組，家長亦協助學生進行戶外活動等。