基督教恩苗東九龍幼稚園採用美國民族大學《幼兒聖經基礎課程》為基礎,並結合幼兒生活經驗的主題,讓幼兒認識周圍環境和事物。學校著重幼兒的學習興趣和內在學習動機,也重視幼兒有愛神、愛人和愛護環境的心,因此會以四年的螺旋式教育教導每一個在恩苗讀書的幼兒,培育幼兒主動學習知識,並有正確的價值觀和良好品格。藉著真理教養孩童,讓他們在靈、德、智、體、群、美六育各方面得到均衡的發展。
基督教恩苗東九龍幼稚園會遵照《幼稚園教育課程指引》(2017)規劃課程,會先訓練幼兒手部小肌肉的能力和掌握空間感,也會讓幼兒操作具體學具來學習抽象的數學概念,訓練邏輯思維;低班幼兒才執筆寫字,也不會要求幼兒做機械式的抄寫或操練式的計算練習。
基督教恩苗東九龍幼稚園會遵照《幼稚園教育課程指引》(2017)規劃課程,不會要求幼兒班兒童執筆寫字,亦不會要求兒童做機械式的抄寫或操練式的計算練習。