竹園區神召會將軍澳康樂幼兒學校的課程包括「主題活動」、「專題研習」及JELIC (多元智能寶盒)課程。以綜合方式為兒童提供照顧及教育並重,讓兒童從「做中學」,第一身經驗及從遊戲中學習,使兒童真正獲得全方位的學習,另多元智能寶盒及腦潛能開發課程能培養兒童的專注力、觀察力、解難能力、邏輯推理能力及記憶力。透過基督教教育,從小培育兒童良好品德。另特聘全職英語教師及專職普通話老師分別教授英語及普通話,讓兒童從小奠定良好的語文基礎,課程涵蓋六大範疇,發展兒童多元智能,達致德、智、體、群、美、靈六育的發展。
竹園區神召會將軍澳康樂幼兒學校會遵照《幼稚園教育課程指引》(2017)規劃課程,不會要求幼兒班兒童執筆寫字,亦不會要求兒童做機械式的抄寫或操練式的計算練習。