校訓：『忠誠勤樸 敬主愛人』。 明愛聖方濟各幼稚園致力培養幼兒德、智、體、群、美、靈六育均衡發展，使兒童成為一個充滿愛心、主動學習及具備領導才能的人。

明愛聖方濟各幼稚園的課程按幼兒身心發展與興趣，並以「兒童為本」原則編訂；綜合語文、個人與群體、早期數學、體能與健康、藝術、科學等學習範疇。重視宗教與品德培育、語文教育及創意思維的發展。 明愛聖方濟各幼稚園會遵照《幼稚園教育課程指引》(2017)規劃課程，不會要求幼兒班兒童執筆寫字，亦不會要求兒童做機械式的抄寫或操練式的計算練習。

安排個別與小組學習及團體互動的學習活動；融匯綜合課程與全語言教學法,鼓勵兒童改編故事、創作兒歌,奠下良好語文基礎；並透過英語共讀計劃及語音遊戲,強化兒童英語的聽、說、讀、寫能力；另外,透過進行專題研習與生活體驗學習,培養兒童主動探索與解難能力,啟動創意思考。同時，善用蒙特疏里教具培育兒童自理和自控能力，豐富兒童感官與數概的學習。

全學年採用持續性評估, 為每一名兒童建立「兒童學習檔案」；並按兒童不同年齡編製「兒童身心發展及學習紀錄表」,定期每學年兩次與家長個別面談及商議幼兒學習的改進計劃。

重視兒童的品德培育；每年舉行「兒童月」和「愛心與關懷運動」,培育兒童互諒、互重、互愛、互助、包容和接納等情操；設混合年齡活動,新生入學及小學生活適應等措施,加強兒童適應環境的能力。設到校支援兒童學習服務，為有學習及情緒需要的幼兒提供跨服務與跨專業的個別學習課程及行為輔導計劃,支援兒童及家長。

重視家校協作；舉辦家長日，邀請家長到校觀課、懇談；全學年推行親子借閱圖書服務、「故事爸媽」、「早晨蜜語」等活動，家長到校協助推行閱讀計劃及與兒童分享生活經驗。同時，成立家長教師會暨校友會, 舉辦親子旅行、專題講座、小一家長分享晚會，建立多元家校溝通渠道；並舉行班級家長會、親職教育等活動，及定期出版學校活動特刊、派發兒童學習報告, 加強家長對幼兒學習進程的了解。另外，每年與明愛其他幼兒學校幼稚園舉行聯校活動，如運動日、遊戲日及兒童戲劇表演等，促進親子關係。