本園秉承教會傳揚福音的使命，以耶穌基督作榜樣，教導幼兒熱愛生命，積極進取，以愛心互相關懷，建立樂於服務他人的良好品德。透過基督教教育的薰陶，讓幼兒在理想的校園環境中發展「德、智、體、群、美、靈」，奠定終生學習的基礎，達至全人教育的使命。

九龍城浸信會幼稚園以「兒童為本」為教育理念，著重幼兒全方位發展，顧及幼兒興趣、能力及生活經驗，融入多元化的教學方法，引導幼兒在學習過程中探索及分享想法。同時，設立五大教學理念「積極探索」、「勇於面對挑戰」、「喜愛學習」、「自信服務他人」、「尊主為大」，透過建構式學習活動，讓幼兒在環境中與人、事、物產生互動，從中提升幼兒的學習興趣，同時以聖經真理為基礎，透過聖經故事、分享及遊戲，幫助學生建立良好的品德。融入不同的教學方法及活動，例如：小組教學、繪本教學、戲劇教學法及科學探索活動，讓幼兒透過遊戲、討論、觀察、探索及記錄進行學習，從而增加幼兒學習動機和興趣、啟發幼兒的多元化潛能及促進幼兒全人發展。

九龍城浸信會幼稚園以小組教學形式進行學習，讓學生有更多機會發表意見，提升其語言發展、社交能力及多元化潛能，亦讓老師更容易觀察到學生的個別差異，因材施教。本園著重學生的語文發展，為提升幼兒英語能力，九龍城浸信會幼稚園安排外藉老師，每天與幼兒一起進行自選活動，除了教授英文詞語、英文語音(Phonics)，亦會藉著唱歌、遊戲等不同活動，增強幼兒英語運用的技巧。另每星期亦有一節普通話課，每課節約20-25分鐘，由普通話老師透過不同主題，教授普通話生字、句子及兒歌，並輔以校本教材，方便家長與幼兒溫習。九龍城浸信會幼稚園採用奧福音樂教學法，鼓勵小朋友親身感受各種音樂與動作，並運用身體樂器、敲擊樂器和奧福樂器作獨奏與合奏，讓他們體驗音樂的樂趣。九龍城浸信會幼稚園設有自主遊戲，讓幼兒在一定的遊戲環境中根據自己的興趣和需要，以快樂和滿足為目的，自由選擇、自主展開活動，讓幼兒天性自由表露，充分發揮和表達。

九龍城浸信會幼稚園採用持續觀察評估的方法，製作「個人發展檔案」，以「持續評估」兒童的學習經驗，並檢視幼兒在體能與健康、語文、幼兒數學、大自然與生活、個人與群體及藝術與創意六大範疇上之發展。

新生入學適應安排(迎新日、新生家長會、新生適應週)，幫助新生適應校園生活。高班幼小銜接安排(小一自行分配學位家長會、小一統一派位家長會、參觀小學、體驗小學課、小一模擬活動)幫助高班幼兒認識小學生活模式及為升學作準備。本園有駐校社工支援幼兒及家長需要。

為加強與家長聯繫和溝通，本園會定期邀請家長到校擔任家長義工，協助自選活動、參觀活動及分享活動，上下學期分別設有兩次家長面見日，讓家長可個別與老師交流幼兒發展情況，了解子女的學習進度及各方面之發展。每月一至兩次之家長團契，會舉辦不同的親子活動、專題講座、興趣活動(新年吊飾工作坊、小食製作)及工作坊(例如：正向管教子女技巧、說故事技巧)等，讓家長透過不同活動交流教養子女之心得，更可彼此支持鼓勵，成為同行者。